Se olharmos para os comandos dentro do seu loop e os reordenarmos um pouco, a parte de repetição é esta:
while ... do
create_crontab_2.sh >> cr_log.log
(( counter++ ))
crontab -r
create_crontab_1.sh >> cr_log.log
sleep 5;
done
O que create_crontab_2.sh faz para editar o crontab é desfeito pelo seguinte crontab -r . Apenas o que está definido no crontab por create_crontab_1.sh está lá durante o sono. Como a mudança do crontab provavelmente será rápida, não é provável que cron consiga ver as regras definidas por create_crontab_2.sh em grande parte.