Esse problema estava sendo causado por ter uma pasta .Trash-1000
na própria unidade externa, com todo o conteúdo que eu estava vendo no Nautilus dentro dela.
Para excluir esses arquivos, tive que remontar essa unidade como gravável:
sudo mount -o remount,rw /partition/identifier /mount/point
Depois disso, consegui rm -rf .Trash-1000/
na unidade e os arquivos não eram mais visíveis como parte da Lixeira do Nautilus.