Eu estava atualizando a ModX hoje e tentei mesclar a nova instalação com a cópia existente no meu servidor. Em seu site ModX diz para "fundir diretórios", o que eu assumo significa recursivamente copiar todos os arquivos na árvore de diretórios da nova instalação para a árvore de diretórios da existente, adicionando novos arquivos, mas não substituindo os existentes.
Eu tentei usar o rsync pela primeira vez:
rsync -r --ignore-existing modx-2.5.5-pl/ httpdocs/
E o resultado foi uma bagunça. A instalação foi interrompida e tive que substituí-la por um backup para que minha instalação antiga funcionasse novamente. Eu então usei este comando que eu tirei do site da ModX:
\cp -fr modx-2.5.5-pl/* httpdocs
Desta vez tudo funcionou perfeitamente.
Qual é a diferença entre o comando rsync que eu executei e o comando cp? Pelo que consegui encontrar, eles deveriam fazer o mesmo.
Pode haver um problema de permissões, você deve tentar o argumento -a no comando rsync , já que ele (entre outros) preserva as permissões.
Veja: link
Eu usei rsync -av para o mesmo propósito (atualizando modX) muitas vezes sem problemas.