Isso depende de qual configuração de init o sistema Linux em questão usa. Todos os mais comuns usam arquivos de texto (e muitos links simbólicos) para determinar o que precisa ser executado na inicialização e em que ordem, se é um script bash para sysvinit
ou um systemd
arquivo de unidade ou algo do tipo runit
ou upstart
ou qualquer outra coisa.
Descubra qual sistema init está sendo usado, escreva um arquivo init do tipo apropriado com as instruções desejadas e solte-o no diretório apropriado.
Sem mais informações do que você está fornecendo em sua pergunta hipotética, é difícil dar uma resposta mais específica.