Se você tiver vírgulas nos campos, o arquivo CSV gerado deverá produzir uma maneira de delinear os campos dessas vírgulas. Por exemplo, isso geralmente é feito colocando aspas em torno desses campos:
"field,1","field,2"
Caso contrário, não há como saber o que separa um campo do que faz parte desse campo. Esse problema existe, não importa qual personagem você escolha.
Você pode pesquisar e substituir esses itens pelo seu próprio caractere, se desejar, como no exemplo acima:
sed -e 's/","/"~"/g' csvfile