Respondendo a: 'Existe alguma maneira de fazer o cache funcionar corretamente?' (bem para realmente fazer aufs escreve funcionar corretamente)
ao montar os aufs, parece que SÓ funciona corretamente se usarmos -o sync
toguether com br como em -o sync,br="..."
agora ele finalmente está funcionando muito bem para tornar as atualizações de gravação prontas, até mesmo os timestamps!
PS .: O problema ainda acontece no Ubuntu 16.04, fazendo com que a sincronização seja necessária.