Todo o meu erro no meu script de shell.
Eu estava fazendo echo Y | apt upgrade , o que obviamente causa o problema de redirecionamento quando o diálogo é chamado.
Eu deveria estar fazendo apt upgrade -y ou wajig upgrade -y .
Quando tentei pela primeira vez apt -y upgrade , estava reclamando que a sintaxe estava errada. por isso recorri a esse mau truque que eu havia esquecido de colocar no lugar.
Permita que outras pessoas tomem nota para evitar problemas como esses.