Instalação de um software no ambiente .csh

Question

Estou tentando instalar um software chamado Plumed no ambiente HPC, que é baseado em csh. Eu fiz com sucesso a instalação no ambiente bash. Normalmente, no ambiente bash, o seguinte comando é usado para configurar:

./configure --prefix=/home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/ CC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicc CXX=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicxx FC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpifort   

Eu tentei isso para o ambiente csh:

setenv mpicc /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicc
setenv mpicxx /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx
setenv mpifort /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpifort
setenv plumedir /home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/

./configure --prefix=$plumedir CC=$mpicc CXX=$mpicxx FC=$mpifort

Não funcionou. Erro foi:

configure: error: in '/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3':
configure: error: C++ compiler cannot create executables  [1]: http://www.plumed.org/

Se alguém puder me ajudar com isso, será ótimo. Além disso, como essas linhas podem ser configuradas para o ambiente csh? Só consigo pensar em alterar export para setenv

export PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$PATH"
export LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"
export PLUMED_KERNEL="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/libplumedKernel.so"

    

Answer 1

O erro real aqui está oculto no arquivo config.log .

Os compiladores MPI mpicc e mpicxx (para C e C ++, respectivamente) são na verdade "wrappers" em torno de compiladores reais. O que os wrappers fazem é chamar o compilador com os flags apropriados.

Parece que o invólucro do compilador mpicxx não está encontrando o compilador icpc (que é o compilador Intel C ++). No config.log , isso é mostrado como

/opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx: line 273: icpc: command not found

Para resolver isso, entre em contato com um administrador do sistema para verificar se esta é uma configuração incorreta da instalação do MPI ou se você perdeu o carregamento de algum tipo de módulo de software.

Quanto à segunda parte da pergunta,

O comando sh -style export

export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

pode ser escrito usando setenv as

setenv DYLD_LIBRARY_PATH "/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

em csh (e da mesma forma para as outras linhas de comandos export ). Observe a omissão de qualquer = .