Você recebeu alguma mensagem de erro? Isso parece consistente com
tendo apenas permissão de leitura para o diretório que contém ( r , mas não x ), isso faria com que stat no arquivo falhasse, deixando ls incapaz de mostrar o proprietário, tamanho ou permissões:
$ mkdir foo foo/test; chmod -x foo; ls -l foo
ls: cannot access 'foo/test': Permission denied
total 0
d????????? ? ? ? ? ? test/
(Claro que você poderia ter um sistema de arquivos quebrado, mas provavelmente também teria alguns erros nesse caso.)