Como o log mostra, você instalou o módulo GLX para placas NVIDIA ,
(II) LoadModule: "glx"
(II) Loading /usr/lib/xorg/modules/linux/libglx.so
(II) Module glx: vendor="NVIDIA Corporation"
compiled for 4.0.2, module version = 1.0.0
Module class: X.Org Server Extension
(II) NVIDIA GLX Module 375.26 Thu Dec 8 17:59:51 PST 2016
que só funciona para cartões NVIDIA e nada mais. OTOH, tanto o driver modesetting para o cartão Intel quanto o driver radeon são inicializados. Um monitor está conectado à saída HDMI da placa Intel, o driver Radeon só tem uma saída VGA, mas não obtém informações EDID para ele, então não tenho certeza se alguma coisa está conectada a isso.
Instale os pacotes GLX corretos (AFAIK, libgl1-mesa-*
para todos os cartões Intel, pelo menos é o que eu uso para meu cartão Intel e também para o cartão Radeon) e verifique no log que eles funcionam.
Se o seu segundo monitor estiver realmente conectado à placa Intel e não à Radeon, considere a possibilidade de desabilitar a placa Radeon.