Meu Ubuntu é 16.10 (eu não usei o Ubuntu por um mês.) Eu tive o mesmo problema.
Agora, apenas executando o guake-indicator, tudo corre bem.
(Eu não posso usar o comando "guake" no terminal nem "guake-indicator" ainda, mas não é um problema se você quiser usar o guake. )
Claro, adiciono indicador de guake a aplicativos de inicialização.
Você deveria tentar.