Como você está no Debian, você quer o utilitário rtcwake. Página do manual
Não é bom para pausas muito curtas (digamos, menos de 10 segundos), pois pode levar mais tempo para o sistema adormecer.
A ideia básica é que você programe o chip RealTimeClock como uma fonte de ativação por n segundos no futuro e, em seguida, suspenda, seja para ram ou disco, ou até mesmo desligue o sistema.