Use ext4.
As escolhas maduras (e não obsoletas) são basicamente ext4 e xfs. Redhat como o XFS por sua escalabilidade, desempenho. Eu não tenho nada contra isso, mas o ext4 é mais comumente usado e, portanto, um pouco melhor compreendido (documentação da comunidade como o StackExchange).
Não espere recuperar arquivos desvinculados.
Costumava haver um undeleter para o linux ext2. Não existe uma que funcione para sistemas de arquivos modernos, na minha experiência.
(Quando o sistema de arquivos FAT da sua câmera quebra com fotos muito procuradas - ou você acidentalmente apaga tudo - o photorec
é incrível. Ele funciona para muitos tipos de documentos, não apenas fotos. Mas você não quer execute-o no servidor de uma pequena empresa, ele não pode excluir arquivos que não são excluídos e não pode informar o nome do arquivo).
Novos sistemas de arquivos copy-on-write podem conter snapshots históricos, permitindo a recuperação se você excluir um arquivo que existia no último snapshot. Mas:
btrfs
não é considerado estável no Debian. (Todo mundo diz para você usar o kernel upstream mais recente para o btrfs, ou possivelmente uma distribuição como o SUSE, onde eles estavam fazendo backport de correções). O código raid5 / 6 nativo de nascente do btrfs foi recentemente descoberto como quebrado e o AFAIK ainda precisa ser reescrito.
O ZFS seria uma solução válida. Mas desde que você não menciona isto, eu não sugeriria isto. Nem sequer está incluído no Debian. O ZFS é uma espécie de coisa própria ... ele ainda tem seu próprio sistema de cache estranho separado do VFS normal do Linux.