Minha versão bash diz que os padrões para HISTFILESIZE e HISTSIZE são 500, então algo no .bashrc ou .bash_profile do root está redefinindo-os para 2000. Já que você precisa root, um novo shell é lançado (presumivelmente bash). Você precisará atualizar as configurações do .bashrc do root ou inserir manualmente essas variáveis & valores para o novo shell.