Você pode tentar usar um bind de chave em vez de um comando.
Caso você deseje que ambos os comandos estejam disponíveis em uma única combinação, ponha no arquivo config ~ / .config / zathura / zathurarc algo como:
map <C-l> feedkeys ":set recolor-lightcolor \#002b36<Return>:set recolor-darkcolor \#839496<Return>"
PS. Não tenho certeza porque você precisa disso, mas se você também pode salvá-lo por padrão no mesmo arquivo de configuração para que ele seja carregado toda vez que você iniciar o zathura sem movimentos adicionais. Basta adicionar suas linhas ao arquivo de configuração mencionado acima.
PS. Informações mais detalhadas sobre o arquivo de configuração você pode encontrar na página de documentação oficial