Tentarei explicar por que todos os seus arquivos foram excluídos.
find . que apenas procura tudo e depois canaliza para grep .git que filtra todos os arquivos que possuem qualquer char + git que inclua arquivos como Fugitive.txt Digit.md etc etc e em todos deles você corre rm -rf E se você tem o infortúnio de ter o diretório nomeado por ex. Digitized ele vem no mesmo balde.
Eu não sei como restaurar seus arquivos, mas meu melhor conselho é parar de usá-lo, já que qualquer operação de IO tornará a restauração impossível.
Você também pode experimentar alguns dos softwares nesta lista