Este é um problema de citação. Mais simplesmente resolvido neste caso, executando o cachimbo awk localmente:
ssh admin@Controller "stats --diff --sho --int 60 --perf e2lxsplunkinx02-Hotdata --iosize --from 2016-10-11,00:00:00 --to 2016-10-11,00:03:00" |\
awk 'BEGIN{c=0; print "DateTime","Rd_avgMsec","Wr_avgMsec";} /^[0-9]|_avg/ {if (/^[0-9]/){printf "%s", $1;c++}else{ printf " %s", $NF/1000; c++ ; if(c==3){print ""; c=0}}}'