Você pode listar todos os pacotes instalados que usam /usr/lib/python3 com este comando:
dpkg -S /usr/lib/python3
Se você executar esse comando em seu sistema, talvez sua saída forneça informações sobre por que esse diretório existe lá. Um dos meus sistemas Ubuntu /usr/lib/python3 contém apenas dist-packages , com arquivos abaixo de dist-packages pertencentes a uma variedade de pacotes. É possível que alguns pacotes em seu sistema forneçam suporte para python3 sem precisar que o python3 seja instalado.