O utilitário file
usa diferentes heurísticas para determinar o tipo de arquivo. Pode ser que file3.php
tenha mais tags HTML do que as outras duas.
No entanto, a saída do utilitário file
não influencia a operação do seu sistema (a menos que você esteja analisando a saída, é claro).
Em particular, não é "seu sistema (RHEL)" que trata este arquivo como HTML.
Se for um arquivo PHP válido, php
executará o script como deveria - independente de qual file
diz. (Tente php -l file3.php
para uma verificação de sintaxe).