Se o seu provedor de hospedagem informou que os discos rígidos foram fisicamente danificados ou falharam, o problema descrito não está relacionado ao número de arquivos que você colocou na unidade, no sistema de arquivos, no cache ou em qualquer outro software relacionado questão. Falhas mecânicas de hardware acontecem de vez em quando. "Muitos arquivos" podem ter um impacto em várias operações do sistema, mas não é um problema comum e certamente não causará danos aos seus discos rígidos.
@Dylan está correto, se você tiver acesso ao nó bare-metal via ssh, o pacote smartctl contém ferramentas de monitoramento que podem verificar a integridade física de seus discos rígidos. Se o seu provedor de hospedagem lhe dá acesso ssh a uma VM (virtualbox, VMware, Xen, o que for), é altamente improvável que você consiga ver o hardware físico em que seu sistema vive.