Eu sou muito novo em usar programas em servidores
Fui designado uma conta de usuário para o servidor do meu Instituto e um armazenamento vinculado a ele. Eu não tenho permissões de root.
Todos os programas (por exemplo, bedtools , samtools , bowtie2 , tophat2 ) são instalados em um diretório de Softwares no servidor e todos os meus arquivos estão no armazenamento alocado. Eu sou capaz de executar alguns programas, mas não outros. Por exemplo, eu consegui executar samtools do meu diretório, mas sempre que executo um comando para usar bedtools bamtofastq , ele diz -bash: command not found .
Como usar / executar os programas do meu diretório no armazenamento? Qual poderia ser o problema?
bash tenta encontrar binários / comandos nos diretórios especificados pela variável $PATH . Veja echo $PATH para encontrar onde o bash está procurando comandos.
Se você quiser usar comandos que não estão nesses diretórios, você deve especificar o caminho completo. por exemplo. seu programa é armazenado em / opt / sw / tools, então você precisa chamar /opt/sw/tools/samtools .
Tags users centos not-root-user