Uma rápida checagem das fontes mostra que o patch GNU, por exemplo, não expande o til para o lar. diretórios. É provável que nenhuma das outras implementações o faça, já que a maioria - todas, mas talvez algumas versões Unix de código fechado - são baseadas em versões anteriores do patch GNU (conforme evoluíram de Larry Wall's original).
Você poderia lidar com isso por um script sed, por exemplo, algo assim:
sed -e "s,~/,$HOME/," ArkOS_Dev_Openbox.patch | sudo patch -d / -p0
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