Eu me deparei com o mesmo problema, mas não consegui encontrar nenhuma solução real (como poderia haver, se simplesmente o tema não suportasse o Eclipse, e o Eclipse não suportasse o tema), então eu simplesmente procurei para um tema sombrio para o Eclipse, e encontrei um que parece bem chamado Dark Juno.
Você pode encontrar o tema e as instruções de instalação no GitHub:
O leia-me inclui instruções aproximadas para definir um esquema de cores do editor escuro também. Espero que ajude, o resultado me satisfez.