Retroceder uma instalação não deve ser feito restaurando o conteúdo de um sistema de arquivos, pois isso também afetará outros pacotes instalados. Para uma alternativa de VM leve, convém examinar a janela de encaixe, que pode ser usada para separar diferentes ambientes de espaço de usuário para diferentes aplicativos. As imagens do Docker são construídas a partir de definições do tipo Makefile, provavelmente comparáveis ao fantoche (nunca trabalhei com isso). É leve, pois o kernel é compartilhado entre o host e os convidados. Experimente!