Para o seu caso de uso, você provavelmente pode usar apenas grep -f . Você pode pesquisar o arquivo config.txt para as linhas em template.txt e ele fornecerá as linhas correspondentes.
Ou seja:
$ cat config.txt
color1: red
color2: blue
color3: green
color4: purple
color5: orange
foo: bar
$ cat template.txt
color1:
color2:
color5:
$ grep -f template.txt config.txt
color1: red
color2: blue
color5: orange
Observe que você não pode fazer apenas grep -f template.txt config.txt > template.txt , pois o shell apagará template.txt antes que grep seja executado. Você precisaria usar um arquivo temporário para contornar isso.