Você não pode vincular com facilidade os limites do sistema de arquivos.
No caso de arquivos de configuração, os links simbólicos seriam transparentes para o aplicativo. Para alguns outros casos, talvez seja necessário vincular simbolicamente a pasta contida.
Arquivos como wpa_supplicant.conf podem usar senhas com hash (embora isso ainda não seja suficientemente seguro para seu aplicativo).
A criptografia é geralmente de dispositivos de bloco inteiros (por exemplo, dm-crypt ) ou como um sistema de arquivos empilhados (por exemplo, eCryptfs ). Os últimos são um pouco menos seguros, porque podem vazar metadados. Você ainda terá que lidar com o problema de montar com segurança seu sistema de arquivos criptografado na inicialização.