Primeiramente, você pode confirmar que você já tem o módulo mpm_prefork, vendo que é enviado no pacote apache2
em 16.04. Você verá alguns resultados para isso se fizer isso:
dpkg -L apache2 | grep fork
/etc/apache2/mods-available/mpm_prefork.conf
/etc/apache2/mods-available/mpm_prefork.load
Agora verifique qual módulo MPM está habilitado, e você verá que o módulo Event MPM está habilitado enquanto o módulo Prefork não está:
ls /etc/apache2/mods-enabled/mpm*
Parece que você deseja desabilitar o módulo Event MPM e habilitar o módulo Prefork MPM, que você pode fazer com links simbólicos, e depois reiniciar o Apache:
sudo rm /etc/apache2/mods-enabled/mpm*
sudo ln -s /etc/apache2/mods-available/*fork* /etc/apache2/mods-enabled/
Talvez a sua diretiva "StartServer" funcione conforme desejado. O servidor Event MPM executa um loop de eventos em um único processo, por isso não faz todos os processos extras.
Você também mencionou iniciar o Apache e o systemd. Eu recomendo não iniciar o http do Apache diretamente ou com o apache2ctl. SOMENTE controlá-lo através do systemd para consistência.
Aqui estão alguns comandos de controle systemd relacionados, como exemplos:
sudo systemctl start apache2
sudo systemctl stop apache2
sudo systemctl restart apache2
Você teve mais perguntas em seus comentários sobre a configuração do Mono, do ASPX e de vários aplicativos. Você deve fazer essas perguntas separadamente e ficar claro se pretende veicular vários aplicativos em um único domínio ou vários aplicativos em vários domínios.
Para fazer o serviço Apache2 iniciar na inicialização, execute:
sudo systemctl enable apache2