(baseado em comentários)
Você substituiu o caminho do resolvedor da biblioteca padrão para que a biblioteca stdc ++ fosse chamada a partir do diretório Xilinx, em vez do padrão do SO. Esta biblioteca parece ser compilada contra uma versão diferente da glibc.
Você precisa unset LD_LIBRARY_PATH
para garantir que o comando apt-get
procure apenas as bibliotecas do sistema operacional padrão.