Não encontrei uma maneira fácil de especificá-los na linha de comando, mas uma solução alternativa pode ser colocar essas linhas no início da entrada SQL:
echo "PRAGMA synchronous=OFF;PRAGMA count_changes=OFF;PRAGMA journal_mode=MEMORY;PRAGMA temp_store=MEMORY" \
> tmp.sql
cat myinserts.sql >> tmp.sql
sqlite3 output.db < tmp.sql
rm tmp.sql