Como as permissões não importam, copiar com cp -R
é bom.
O comando que você está usando para comparar as duas árvores compara os nomes de arquivos, a propriedade e a permissão. Se você não se importa com a preservação de permissões, não imprima as permissões!
vimdiff <(cd /Volumes/fat32/ && find . | sort) <(cd /Users/masi/BitTorrentSync/ && find . | sort)
Mas você deve usar um sincronizador de arquivos: rsync se você sempre copiar na mesma direção, Unison se for sincronizar nos dois sentidos.
Não há como preservar as permissões no FAT32. Se você quisesse copiar arquivos e preservar permissões, você precisaria usar um sistema de arquivos diferente ou colocá-los em um arquivo (zip, 7z, tar.gz,…).