O problema aqui é que seus aplicativos Mono são, assim como qualquer outro código-fonte, fora do controle do sistema de gerenciamento de pacotes. Portanto, você precisa descobrir quais pacotes você precisa instalar - nada lhe dirá.
Você tem algumas opções e a mais simples delas é ler a documentação do desenvolvedor.
Caso contrário, você pode (como já começou) executar strace
e ver o que está faltando. O problema então é descobrir em qual pacote esse arquivo pertence. No Ubuntu, você pode usar apt-file
da seguinte forma:
Instale e configure:
$ sudo apt-get install apt-file
$ apt-file update
Em seguida, encontre o pacote com:
$ apt-file search gtk-sharp-2.0.pc
e ele informará que você precisa instalar libgtk2.0-cil-dev
para este arquivo.
Em seguida, execute o aplicativo Mono novamente e, se necessário, strace
e apt-file
ajudarão você a encontrar os arquivos ausentes.