A partir dos 20 ou mais, pelo menos parte é tomada pela instalação do sistema operacional, e você provavelmente também tem um ou mais espaço em disco gigabyte tomado pelo espaço de troca (o tamanho para essa partição depende da memória RAM que você alocou para sua VM).
Se você aumentar o tamanho do disco da VM, isso não aumenta o tamanho do sistema de arquivos que foi criado durante a instalação do Ubuntu. Você precisaria reparticionar a unidade de dentro do Ubuntu (o que não é totalmente trivial, especialmente se o disco tiver uma partição de troca após a principal) e depois redimensionar o sistema de arquivos. Sem informações detalhadas sobre como o seu disco atual é particionado, seria uma suposição sobre como descrever isso.
O que recomendo é criar uma nova VM do Virtualbox. Aloque 50 GB ou mais. Na configuração padrão, o arquivo real que é o disco da VM obtém apenas o tamanho que é obtido. Assim, supondo que você instale 12Gb no software após a instalação do Ubuntu (que parece muito para mim) e tenha uma partição swap de 2Gb, você terá um arquivo com cerca de 14Gb, e após a instalação do Xilinx ele deve aumentar para 35Gb ou assim (provavelmente menos). Então isso deixa algum espaço para crescer.
A reinstalação provavelmente leva mais tempo, mas é menos propensa a erros do que tentar redimensionar suas partições e sistema de arquivos.