Se você substituiu o Nautilus pelo Thunar (como?), não há desktop porque o Nautilus desenha a área de trabalho, portanto, se ele não estiver em execução, você não terá uma área de trabalho.
Então, execute-o (você terá uma janela do Nautilus). Ou use xfdesktop
para desenhar a área de trabalho e substituir o Nautilus para essa tarefa e manter o Thunar.