Você ficará bem, usando vários compiladores (Fortran ou qualquer outra linguagem) é bastante comum, e suas instalações padrão não devem interferir umas nas outras.
É claro que, sempre que você estiver usando vários compiladores para um idioma, deverá organizar seus projetos para que você se lembre de qual compilador foi segmentado. No mínimo, faça uma anotação em um arquivo README ou INSTALL, para que você e outros usuários possam facilmente compilar seu software no futuro.