Recomende eliminar todos os espaços em branco nos condicionais makefile. Veja este makefile, que funciona perfeitamente.
TXT="--"
ifeq ($(LON_GEMINI_BOX),1)
TXT="works!"
EXTRA_CFLAGS +=
EXTRA_CFLAGS +=
else
TXT="why is this happening"
endif
all:
@echo $(TXT)