Experimente esta versão testada:
awk '{ colone[$1]+=$2; coltwo[$1]+=$3; } END { for (i in colone) { print i " " colone[i] " " coltwo[i]; }}' file
Ele está usando matrizes associativas, veja o famoso tutorial Awk - Um tutorial e introdução - por Bruce Barnett
O teste está abaixo:
awk '{ colone[$1]+=$2; coltwo[$1]+=$3; } END { for (i in colone) { print i " " colone[i] " " coltwo[i]; }}' file
A 1000 200
B 400 200
C 420 1306
D 450 1541