O link que você dá diz:
- All configuration files are embedded in jars.
- We ship in the conf folder template configuration files.
- You can override the default configuration : Copy the conf folder any ...-template... you need and update according to your needs.
A última parte não é particularmente clara, mas pelo que entendi, significa que você pode copiar qualquer arquivo de modelo para a pasta conf , dando-lhe o nome apropriado, e usá-lo para sobrescrever a configuração que está embutida os JARs. Você não deve colocar sua própria configuração nos arquivos JAR, apenas deixe-a no diretório conf .