Existe alguma razão para não usar o git? É muito bom mesclar mudanças como essas automaticamente, e é exatamente para isso. Isso não é diretamente uma resposta para a pergunta, mas uma solução alternativa. Usando git em vez de diff, seria algo parecido com isto:
# copy your original code to a new folder
cp -r 1.2.0 mysoftware_git
cd mysoftware_git/
# make the original source code a git repository
git init
# add everything to the repo
git add --all
# make your first commit
git commit -m 'original source code'
# make a branch for your colleagues' work:
git checkout -b 1.2.0-fr
# overwrite the source with the appropriate changes
cp ../1.2.0-fr/* .
# update and commit
git add --all
git commit -m 'new stuff written by Alice and Bob'
# switch back to the master branch
git checkout master
# add the 1.2.6 updates to the master
cp ../1.2.6/* .
git add --all
git commit -m 'Changes to the main software branch'
# merge the changes from 1.2.0-fr into 1.2.6
git merge 1.2.6-fr
Pode haver alguma resolução de conflito para fazer manualmente, mas esses são os princípios básicos do git branch and merge ...
Mais detalhes podem ser encontrados aqui