Como observado no comentário, é possível que ambos os pacotes usem os mesmos caminhos. Por exemplo, os pacotes Java geralmente instalam (além dos arquivos ) links simbólicos de /usr/bin nos arquivos reais. Você pode encontrá-los explicitamente em /usr/bin ou (dependendo do sistema) por meio de algum diretório alternativas , por exemplo, /etc/alternatives .
Mesmo que não haja conflito explícito, o empacotador pode optar por considerar obsoleta alguma versão anterior e dificultar que alguém retenha versões mais antigas.
Você sempre pode criar um tar do conteúdo mais antigo do diretório antes de instalar o pacote mais recente e restaurá-lo depois (quando yum tiver excluído o mais antigo). Se você fizer isso, yum não saberá sobre a versão mais antiga e poderá fazer o que for necessário para permitir que os aplicativos usem isso, por exemplo, definindo PATH para aplicativos específicos.