Vamos supor que seu tarfile seja $TARBALL
com um caminho absoluto .
tar cfC $TARBALL /a/b/z .
tar AfC $TARBALL /e/f/z .
A opção -C
altera o diretório para o próximo argumento. O que não está claro é o que acontecerá quando os arquivos de mesmo nome estiverem nos dois diretórios.
A alternativa é manter os nomes dos caminhos:
tar cf $TARBALL /a/b/z /e/f/z
Os nomes dos caminhos serão retidos e mantidos no tarball e esses diretórios serão criados durante a extração.