Você pode usar o clamav para Linux para verificar todos os discos conectados ao seu sistema. O ClamAV possui um front end gráfico chamado ClamTK. É um dos mais conhecidos, é grátis e você pode instalá-lo a partir dos repositórios.
Quanto a outras versões do antivírus para Linux, você pode ter:
Alguns deles são gratuitos, pelo menos o AVAST parece ser uma versão paga para segurança corporativa.