Para abrir um terminal na inicialização, adicione a seguinte linha ao final de ~/.bash_profile
gnome-terminal &
Para executar seu script quando um terminal gnome for aberto, adicione a seguinte linha ao final de ~/.bashrc
/path/to/script.sh
.bash_profile é executado quando o usuário efetua login, .bashrc é executado sempre que um terminal é aberto. gnome-terminal é o comando para abrir um novo aplicativo de terminal no gnome, o & significa executá-lo em segundo plano (assim seu .bash_profile não espera que o terminal seja fechado antes de executar qualquer outro comando nele) .
Se algum desses arquivos não existir, você pode copiar um modelo para eles em /etc/skel/ ou apenas criá-los apenas com as linhas desejadas.
Além disso, como uma nota secundária, /etc/init.d/ é onde o sistema usou para iniciar serviços (agora o CentOS / RHEL usa /etc/systemd/ ). Praticamente tudo em /etc/ é usado como configuração de serviço, o que fazer e como fazê-lo quando a máquina é inicializada.