Eu consegui resolver isso desabilitando o serviço nagios. Eu mudei para uma placa-mãe diferente e em vez de reiniciar, o sistema pareceu travar e o LED do HDD estava aceso. Depois de um tempo, recebi um prompt de login e consegui fazer o login, mas o sistema estava muito lento (isto é, ocupado). Eu tentei desligá-lo, e parecia que os nagios estavam presos em algum lugar. Depois de remover o link de inicialização em /etc/rc5.d, o sistema inicializa normalmente novamente. Eu não estou mais usando nagios neste sistema, então isso é uma solução para mim.