Criando uma função que lê uma lista de entrada de arquivos

Question

Sou novo no UNIX / Linux e estou no processo de escrever pipelines de bioinformática. Esses pipelines recebem arquivos de entrada e os passam por vários pacotes.

Digamos que há uma lista de arquivos que vai no arquivo1, no arquivo2, no arquivo3 ... no arquivo n, e para cada um deles eu quero aplicar uma função que seja function1 -file 1 | função 2 | função 3 > arquivo 1.output, mas quer fazê-lo para toda a lista de arquivos usando um loop for, e alocar nomes de arquivos para os arquivos de saída em conformidade, que comandos e sintaxe devo usar?

    

Answer 1

De acordo com as informações da sua pergunta, isso deve fazer o que você solicitou:

for i in file1 file2 file3 file4 fileN
do
     function1 "$i"| function2 | function3 > "$i".output
done