passar a saída de um programa (samtools) para outro programa (bamToBed) falha

Question

Como devo passar a saída de um comando para outro programa como este:

samtools view -bf 0x2 p1163.novo.tier2.bam | bamToBed -i stdin | coverageBed -a stdin -b genes.bed

Mas o stdin não funciona no meu terminal.

    

Answer 1

bamToBed -i /dev/stdin

ou

bamToBed -i -

deve funcionar. Houve um erro.

Editar: e -b como opção samtools é crucial.