Você quase já o tem para um script de shell:
#!/bin/bash
mysqlE="mysql -u root -ppassword -D database -s -N -e"
query="SELECT id FROM myTable"
$mysqlE "$query"
Outra maneira é colocar o comando mysql em uma função (colocar em ~ / .bashrc por exemplo)
function mysqlE()
{
mysql -u root -ppassword -D database -s -N -e "$@"
}
de um novo shell ou source ~/.bashrc
use
mysqlE "$query"