Gerentes de janela (como metacity) assumem que cada espaço de trabalho é uma entidade discreta. O Windows está em um ou outro espaço de trabalho. Pense nisso como várias mesas físicas.
O Compiz funciona de maneira diferente. Ele usa algo chamado viewport, em um espaço de trabalho. Isso é o que permite que você tenha janelas sobrepostas à borda do cubo. Pense nisso como uma grande mesa física, mas onde você pode ver apenas uma parte dela de cada vez.
E sobre a obtenção de programas para iniciar em outro espaço de trabalho ou viewport (dependendo do gerenciador de janelas que você usa): existe um programa chamado wmctrl que permite alternar da linha de comando.
Se você quer algo chique com compiz / viewports, dê uma olhada em este script . Ele usa wmctrl e aceita que você diga coisas como 'goto ViewportNumber 1'.