Você pode usar o grep para verificar se o diretório está listado em seu arquivo de exclusão, conforme mostrado em esta resposta em SO :
#!/bin/bash
#START
TIME='date +%Y-%m-%d_%Hh%Mm' # Append date and time to backup file
SRCDIR=/srv # Location of directories to backup
DESDIR=/srv/backup # Destination of backup files
EXCLUDE=exclude.txt # File which defines what to exclude from archiving
for dir in $SRCDIR/*/
do
base=$(basename "$dir")
if grep -Fxq "$base" $EXCLUDE
then
echo "$base excluded"
else
tar -cpzf $DESDIR/$base-$TIME.tar.gz $dir
fi
done
#END