Assim como a tabela de partição em um disco inteiro registra onde as partições terminam em relação ao disco, o próprio sistema de arquivos sabe onde termina em relação ao início de sua partição.
Não importa se há lixo em uma partição após o sistema de arquivos, além do espaço desperdiçado no meio. Contanto que sua imagem seja menor que (ou exatamente tão grande quanto) a partição de destino, você é bom.
Alguns sistemas de arquivos podem ser redimensionados para preencher todo o espaço disponível na partição em que residem. (Muitas vezes, é mais conveniente copiar uma imagem um pouco menor para uma partição e redimensioná-la em vez de possivelmente cometer um erro ao calcular os tamanhos exatos.)