Isso parece não ter nada a ver com permissões. Você veria uma "permissão negada", não um "comando não encontrado".
O que está acontecendo é que você parece ter . em seu $PATH como root (o que é insano ), mas não por conta própria.
É seguro adicionar. ao meu caminho? Como assim?
Resposta: não. Você descompacta um tar.gz, cd no diretório e executa ls . Há um executável no diretório chamado ls , que é executado em vez de /bin/ls . Ele modificou o seu ~/.bashrc , então da próxima vez que você executar o su e digitar a senha do root, o atacante será o dono do seu computador.
Se você deseja executar algo no diretório atual, execute ./cmd